Beliau meninggal dunia pada tahun 3 Julai 1919 di rumahnya di Bukit Senyum dan telah dikebumikan dengan penuh istiadat di Makam Mahmoodiah, Johor Bahru, Johor.

Sebuah sekolah iaitu "Sekolah Menengah Kebangsaan Dato Jaafar" telah ditubuhkan di sebelah Istana Bukit Senyum iaitu kediaman Dato Jaafar sempena jasa dan sumbangan beliau kepada Johor.